آیت‌الله اعرافی در واکنش به هتک قرآن مجید در اروپا ابراز داشت:‌

ایران اسلامی و مراکز فرهنگی و علمی و دانشگاهی آن بویژه حوزه‌های علمیه و مراجع معظم و زعما و بزرگان و طلاب و استادان و نهادها و مؤسسات آن در کنار همه خردورزان عالم و امت سرافراز اسلام ، این حرکت سبک سرانه و همراهی های مستکبرانه با آن را محکوم می‌نمایند و ملت‌های عالم را به اتخاذ مواضع روشن در برابر این افراط گرایی و نهاد های بین المللی را به وضع قوانین بازدارنده و منشور مشترک ادیانی فرا می خوانند.

به گزارش خبرگزاری حوزه، در پی اقدام شنیع و توهین‌آمیز قرآن سوزی در سوئد، آیت‌الله اعرافی مدیر حوزه‌های علمیه و رئیس هیئت امنای جامعه المصطفی العالمیه طی اطلاعیه‌ای این اقدام را محکوم کرد و ابراز داشت:‌

جریان های خرد سوز و اسلام ستیز و ستم پیشگان و مستکبران بدانند برغم همه دشمنی ها و کینه ورزی ها و مظالمی که بر مسلمانان و امت اسلامی و کشورهای اسلامی روا داشته اند و برغم همه این حرکت های فرومایگان،  خورشید اسلام کم فروغ نخواهد شد بلکه تابان تر خواهد بود و اندیشه توحیدی و معرفت قرآنی و اخلاق و عقلانیت اسلامی بیش از گذشته پیش خواهد رفت و مورد استقبال جهانیان قرار خواهد گرفت و سنگرهای ذهن و ضمیر آدمیان را فتح خواهد کرد و زورگویان و سست منطقان را برجای خود خواهد نشاند.